Bien qu'ayant été brièvement conseiller du premier ministre Jacques Sylla entre 2002 et 2004, Andriantsitohaina évite depuis lors de s'engager trop ouvertement en politique. Il garde en mémoire les ennuis rencontrés par certains businessmen ayant connu la disgrâce à l'époque du président Marc Ravalomanana. Il demeure donc discret et prudent en public sur les questions d'ordre politique mais peut utiliser son groupe de presse pour régler des comptes.
Son père et lui avaient été initialement séduits par l'accession de Ravalomanana, un homme d'affaires comme eux, à la présidence en 2002, avant d'être déçus par son comportement au pouvoir après son premier mandat. Naina Andriantsitohaina a ensuite œuvré dans l'ombre, avec d'autres hommes d'affaires de la capitale dont Mamy Ravatomanga, en faveur d'un changement politique en 2008-2009.
Alors président du GEM, il a néanmoins gardé ses distances avec le président de la transition Andry Rajoelina, dit TGV, qui lui en a voulu de ne pas avoir soutenu la grève générale organisée contre Ravalomanana début 2009. Par la suite, Andriantsitohaina a connu une période assez faste en affaires et a conservé d'étroites relations avec Ravatomanga, qui, de son côté, était devenu conseiller officieux de TGV. Toutefois, en 2012, à la suite d'un conflit avec les autorités de transition, ces dernières lui ont fait fermer sa radio Taratra 105.6 FM.