Entre-temps, Rajaonarimampianina avait eu l'audace et la clairvoyance de présenter sa candidature au scrutin présidentiel au nom de sa propre plateforme politique, l'association Hery Vaovao hoan'i Madagasikara, et avait ainsi dû rivaliser au premier tour avec plusieurs ténors de la transition comme Hajo Andrianainarivelo, Edgard Razafindravahy ou Camille Vital. Le soutien officiel que lui a apporté Andry Rajoelina pour le second tour l'a clairement positionné comme le candidat de l'équipe sortante. Dès lors, Rajaonarimampianina a adopté une position ambivalente, prônant sa volonté de rupture avec le régime finissant, tout en s'affichant avec Rajoelina, omniprésent à ses côtés pendant la campagne pour le second tour.
Après cinq années de transition chaotique qui ont vu la situation économique se dégrader, le nouveau président doit relever de nombreux défis, à commencer par renouer les relations avec les bailleurs de fonds internationaux tels le Fonds monétaire international (FMI) et la Banque mondiale. Aux yeux de la population malgache, la crédibilité du récent élu se révèlera dans sa capacité à s'affranchir de la tutelle de Rajoelina, dont la coalition électorale, Miaraka Amin'i Prezida Andry Rajoelina (Mapar), a obtenu 53 des 151 sièges de députés à l'Assemblée nationale. Grâce à ce score, TGV va pouloir continuer à jouer un rôle politique important.
Entouré de ses collaborateurs de confiance issus du ministère des finances ou du sérail d'Air Madagascar, Rajaonarimampianina a désormais la délicate tâche de se constituer un réseau d'alliés politiques solide, notamment au Parlement, pour s'imposer comme président.